Le Programme est mis en application par la structure organisationnelle suivante:

Comité de Contrôle et de Restructuration (MAC) est chargé de rédiger et d'adopter les règles et les règlements, et de surveiller la mise en œuvre globale du Programme. L'adhésion comporte des représentants des Points Focaux Nationaux des Pays Membres et des établissements de l'OCI dans le domaine de la formation professionnelle, surtout le SESRIC, la BID, la CICI, l'UIT et l'ICYF-DC.

Organe d’Exécution de l'OCI, il a la responsabilité principale de la mise en œuvre et de la gestion appropriée du Programme conformément aux décisions prises par le Comité de contrôle et de restructuration. L'Organe d'Exécution porte également la responsabilité globale de la surveillance et de la coordination des Points Focaux Nationaux. SESRIC avait assumé ce rôle depuis l'approbation du Programme de l'OCI-PFP à la 24ème Session du COMCEC en 2008.

Points Focaux Nationaux (PFN) sont des bureaux nationaux qui ont été indiqués et installés par des autorités nationales responsables des affaires de formation professionnelle dans chaque pays membre. Ils favorisent et mettent en application le programme et agissent en tant que lien entre l'Organe d'Exécution et les bénéficiaires.