يتم تنفيذ البرنامج من خلال البنية التنظيمية التالية:

لجنة المراقبة والاستشارة، تعتبر مسئولة عن صياغة وإقرار القوانين والتنظيمات، ومراقبة التنفيذ الكلي للبرنامج. وتتألف العضوية من ممثلين عن نقاط الاتصال الوطنيةفي البلدان الأعضاء ومؤسسات المنظمة في ميدان التعليم المهني والتدريب، خاصة مركز أنقرة (سيسريك)، البنك الإسلامي للتنمية، غرفة التجارة والصناعة الإسلامية، الجامعة الإسلامية للتكنولوجيا ICYF-DC .

العضو المنفذ في منظمة التعاون الإسلامي له مسئولية إرشادية للتنفيذ والإدارة الصحيحة للبرنامج بالتوافق مع القرارات المتخذة من قبل لجنة المراقبة والاستشارة. ويتحمل العضو المنفذ كامل المسئولية عن الإشراف والتنسيق بين نقاط الاتصال الوطنية. ويتولى مركز أنقرة هذا الدور منذ إقرار برنامج المنظمة للتعليم المهني والتدريب في الدورة الرابعة والعشرون للجنة الدائمة للتعاون الاقتصادي والتجاري(كومسيك) في عام 2008.

نقاط الاتصال الوطنية، هي مكاتب وطنية تم تأسيسها وتعيينها من قبل السلطات الوطنية ومسئولة عن شؤون التعليم المهني والتدريب في كل دولة من البلدان الأعضاء. وتدعم وتنفذ البرنامج وتعمل كهمزة وصل بين العضو المنفذ والمستفيدين.